Как уточнить или вернуть платеж по НДФЛ, уплаченный в другую ИФНС?

Добрый день ! Уважаемые знатоки, помогите в запутанном деле ! ИП ,работая на патенте не по месту регистрации, в мае и июне 2018г. ошибочно заплатил в эту другую ИФНС ндфл за всех своих работников. В 6 ндфл все начислено , удержано по разным районам, как и надо. Ошибку обнаружили только сейчас,когда ифнс по месту регистрации выставила недоимку. Срок погашения уже истекает и мы успеем ее погасить только через р/сч.Вопрос,что делать теперь с переплатой в другом районе. Инспектор не вникая предложил уточнить платежи. Но ведь уточнить можно реквизиты платежа, а в нашем случае еще и суммы придется разбить. Было перечислено одной платежкой  3000, из них 1000 верно и 2000 не туда....Может просто вернуть на счет ?